از آنجا که بررسی مواضع اقشار وطبقات مختلف در هر نهضت وانقلاب یکی از موضوعات مهم در تاریخ به شمارمی رودو با توجه به نقش تعیین کننده علماو مراجع در نهضتهاوحرکتهای تاریخ معاصرکشورمان ،که مورداتفاق واجماع محققین ومورخین می باشد. بنابر این در این پژوهش در خصوص این مساله که علما و مراجع وقت چه موضعی نسبت به نهضت امام خمینی انتخاب نموده اندو چرا؟ مورد مطالعه و تجزیه و تحلیل قرار می گیرد. از اهداف این پژوهش مطالعه و تحقیق در مورد مواضع علما ومراجع در حوزه های علمیه،قم،مشهد،تبریز،همدان، زنجان ، نجف و علمای دارای ارتباط با دربار در فاصله زمانی 41 تا 43 یعنی از لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی تا تبعید حضرت امام به ترکیه می باشد.هدف از این پژوهش ،ارائه یک کار علمی و بی طرفانه در موضوع مواضع مراجع وقت نسبت به نهضت حضرت امام است،چون تا کنون تحت این عنوان تحقیقی جداگانه صورت نگرفته است . در این پژوهش نخست زمینه های نهضت امام خمینی در حد اشاره بیان شده است آنگاه پیشینه خانوادگی امام، و سابقه مبارزاتی ایشان تحت عنوان زندگی نامه بیان شده است سپس موضوع اصلی تحقیق یعنی فرازو نشیبهای نهضت و مواضع امام و مواضع علما و مراجع بیان شده است .وعمده ترین یافته این پژوهش بر این امر استواراست که درزمان نهضت امام خمینی غالب علما ومراجع وقت با دیدگاه امام خمینی در بیشتر مواقع همراهی دارند واز اعمال ورفتار وشیوه مبارزاتی و آراء ونظریات امام، در برخورد با دولت وقت وحاکمیت زمان رضایت داشتندو حمایت نمودند گرچه بعد از مدتی تعدادی از آنها از مواضع اولیه عقب نشینی نموده و حتی در پنهان و آشکار موضعی مخالف انتخاب نمودند. واژگان کلیدی:علما، مراجع،امام،نهضت،حوزه