معاونت پژوهشي پژوهشكده امام خميني(س) و انقلاب اسلامي، فعاليت خود را براي نيل به اهداف پژوهشكده آغاز نموده و اين معاونت، ساختار خود را براساس سه بخش زير تنظيم کرده و امور پژوهشي ـ اجرايي خود را در اين بخشها، متمركز ساخته است:
الف ـ نظارت و ارزيابي پژوهشي
نظارت و ارزيابي امور پژوهشي پژوهشكده، در اين بخش صورت مي‌گيرد، امور پژوهشي در هر سال برنامه‌ريزي شده و به تاييد شوراي پژوهشي مي‌رسد، كارنامه پژوهشي اعضا تنظيم مي‌گردد و آثار قابل انتشار آنان به بخش نشر پيشنهاد مي‌گردد، همچنین برنامه‌ريزي سمينارهاي پژوهشي گروه‌ها نيز بر عهده اين بخش مي‌باشد.
ب ـ طرحهاي تحقيقاتي
در اين دفتر طرحهاي پژوهشي محققين مورد بررسي قرار گرفته و امور اجرايي آن پيگيري مي‌گردد و ضمن ایجاد ارتباط مستمر با گروه‌ها تلاش مي‌كند در جهت ارتقا كمي و كيفي پژوهش در حوزه امام و انقلاب فعالیت نماید.
ج ـ ارتباطات، اطلاع‌رساني و نشر
در اين بخش با مراكز پژوهشي ارتباط برقرار مي‌شود و قرارداد همكاري به امضا مي‌رسد و از محققين و صاحبنظران، جهت ارائه سخنراني دعوت به عمل مي‌آيد. كتابها و مقالات جديدي كه درباره امام خميني(س) و انقلاب اسلامي به نگارش در آمده‌اند، جهت نقد به اعضاي هيات علمي گروه‌ها، معرفي مي‌شوند. برنامه‌ريزي امور چاپ و نشر، برقراري ارتباط با شبكه اينترنت، ارتباط با رسانه‌هاي جمعي و معرفي پژوهشكده و آثار آن، شركت در نمايشگاه‌ها و عرضه محصولات پژوهشكده، ارتباط با شوراي اطلاع‌رساني و كتابخانه پژوهشكده، از ديگر وظايف اين بخش است.