هیات امناء
اين پژوهشكده به موسسه تنظيم و نشر آثار امام خمينی(س) وابسته است و با نظارت هيات امنايی متشكل از افراد ذيل، اداره می شود:
1- توليت موسسه تنظيم و نشر آثار امام خمينی(س) و رئيس هيأت امنا، آيت الله حاج سيد حسن خمينی؛
2- خانم دكتر فاطمه طباطبايی؛
3- وزير علوم، تحقيقات و فناوری؛
4- معاونت برنامه‌ريزی و نظارت راهبردی رياست جمهور؛
5- رئيس پژوهشكده امام خمينی(س) وانقلاب اسلامی؛
6- قائم مقام موسسه تنظيم و نشر آثار امام خمينی(س)؛
7- حجت الاسلام و المسلمين مجيد انصاری؛
8- دكتر نجفقلی حبيبی؛
9- دكتر علی محمد حاضری؛
ریاست
رياست اين پژوهشكده با موافقت وزير علوم، تحقيقات و فناوری جمهوری اسلامی ايران و با حكم توليت موسسه تنظيم و نشر آثار حضرت امام خمينی(س) منصوب میگردد. در حال حاضر رياست پژوهشكده را حجت الاسلام و المسلمین دکتر محمد مقدم بر عهده دارند.
شورای آموزشی و پژوهشی
شورای آموزشی و پژوهشی عاليترين مرجع سياستگذاری و نظارت بر فعاليت های علمی و پژوهشی پژوهشكده است كه انتخاب اعضای آن به عهده هيأت امنا می باشد.