مسئله مورد توجه در این تحقیق، آسیب شناسی حکومت و بطور خاص، حکومت دینی از منظر حضرت امام خمینی (ره) می باشد که در آن دو هدف، نظری یعنی شناخت حکومت و آسیب های آن و عملی به معنای تلاش برای شناخت خطرات و آفت های حکومت اسلامی و هشدار و جلوگیری از این آسیبها از منظرامام(ره) مورد توجه بوده است.در این بین سؤال اصلی اینست که دیدگاه امام خمینی(ره) بعنوان صاحب نظر و مؤسس نظام حکومتی خاصی بنام جمهوری اسلامی در مورد آسیبها و تهدیدات حکومت- به مفهوم عام- چیست؟لذا با این فرض که در اندیشه امام(ره)حکومت پدیده ای است که با اختیار و اراده انسانها سر و کار دارد و آسیبها و خطرات زیادی آن را تهدید می کند به بحث آسیب شناسی حکومت از منظر ایشان پرداخته ایم. برای این منظور، با توجه به تنوع داده ها و نبود دسته بندی خاص،روش منطق بازسازی آبراهام کاپلان را به کار بسته ایم که در آن ابتدا ساختار منطقی مورد نظر برای بررسی و تبیین یک پدیده در نظر گرفته شده و سپس داده ها بر اساس شیوه ای مشخص،در درون آن ساختار جای می گیرند. بدین طریق به روشی که طی آن آسیب ها ی حکومت از دیدگاه امام(ره) به سه بخش معنایی، ساختاری(سیاسی) و کارکردی تقسیم می نماید اقدام نموده ایم. با بررسی صورت گرفته چنین نتیجه گرفته ایم که امام(ره) ضمن ارائه نوعی از حکومت به نام جمهوری اسلامی بعنوان بهترین شکل حکومت که مبتنی برقوانین الهی، همراه با خواست، اراده و انتخاب مردم می باشد ،در تمام زمینه ها و حوزه های مختلف دینی، فرهنگی، سیاسی، اقتصادی و نظامی راجع به بروز آسیبها در این حکومت ،تذکرات و پیش بینی هایی داشته اند. آفاتی که می توانند حرکت حکومت را به سمت اهداف خود کُند نمایند یا آن را از مسیر منحرف نموده، به زوال برده و در نهایت به ورطه سقوط بکشانند. در تقسیم بندی آسیبها، نوع معنایی، متزلزل کننده اعتماد عمومی و تضعیف کننده باورهای مردمی می باشند. بنابراین پایه های معرفتی و ایمانی و مردمی نظام، به ویژه اعتماد عمومی را متزلزل می سازند و از این نظر دارای اهمیت بیشتری می باشند چرا که به نوعی مردم را که پشتوانه اصلی حکومت هستند از آن جدا ساخته و باعت بی ثباتی و زوال حکومت می گردد. نوع دیگر آسیبها ،ساختاری(سیاسی) است. این نوع آسیبها حود به دو قسمت آسیبهای ساختار حقوقی و ساختار حقیقی تقسیم می شوند. در میان آسیبهای ساختار حقوقی مهمترین آنها نا کارآمدی ساختار سیاسی بوده که زوال مشروعیت را در پی دارد و از آسیبهای بسیار مهلک است. آسیبهای کارکردی نیز مانند ارائه چهره وارونه از اسلام، وابستگی فرهنگی، فاصله ي طبقاتي و بی نظمی در قوای مسلح در چهار حوزه دینی، فرهنگی، اقتصادی و نظامی بررسی شده اند. این آسیبها موجب بدبینی افکار عمومی شده و ذهنیتی خطرناک مبنی بر ناتوانی اسلام دراداره کشور و دخالت درامور سیاسی را ایجاد می کنند. کلیدواژه ها: حکومت،آسیب،آسیب شناسی،آسیب شناسی حکومت،جمهوری اسلامی،اندیشه سیاسی،امام خمینی